Der Gegenstand der Wissenschaftsgeschichte ist es die Entstehung und Entwicklung der Wissenschaft nachzuzeichnen. Hierzu bedient sie sich vor allem Methoden der Geschichtsforschung. Wissenschaftler die Wissenschaftsgeschichte betreiben stammen dagegen oft selbst aus der Disziplin die sie historisch bearbeiten, was oft bei sehr komplexen Gegenständen auch notwendig ist. Wissenschaftsgeschichte erscheint dann als historischer Teil der jeweiligen Fachdisziplin.
Neben der Geschichte wissenschaftlicher Theorien und Erkenntnisse können auch weitere Themengebiete Inhalt der Wissenschaftsgeschichte sein: z.B. Biographien ausgewählter Forscher, wissenschaftlich bedeutsame Expeditionen oder die Entwicklung wissenschaftlicher Zeitschriften, Verlage, Sammlungen oder Organisationen. Auch die Geschichte wissenschaftlicher Ausbildungsordnungen und Abschlüsse fällt in den Bereich der Wissenschaftsgeschichte.
Bei zahlreichen wissenschaftshistorischen Fragestellungen kann es zu starken Überschneidungen mit der allgemeinen Geschichtsforschung kommen, wenn etwa Themen wie 'Wissenschaft im Dritten Reich' (undenkbar ohne NS-Geschichte) oder Tropenbotanik (undenkbar ohne Geschichte der Kolonialisierung) bearbeitet werden. Auch die Entwicklung technischer Möglichkeiten kann einen bedeutenden Einfluss auf die Entwicklung einzelner Fachdisziplinen haben und ist dann zu beachten.
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