Seit 1920 war er Leiter der neurologischen Abteilung an der Medizinischen Klinik in Heidelberg. 1926 besuchte er Sigmund Freud; dieser Besuch hatte eine zentrale Bedeutung für sein weiteres Schaffen. Im selben Jahr erschien von Weizsäckers Schrift Stücke einer medizinischen Anthropologie in der von Martin Buber und Joseph Wittig herausgegebenen Zeitschrift Die Kreatur. Von 1926 bis 1928 war er auch Mitherausgeber dieser vierteljährlich erscheinenden Publikation. 1932 formulierte er die Gestaltkreisidee, eine Theorie der Einheit von Wahrnehmung und Bewegung.
Im Jahr 1941 war Weizsäcker Leiter des Otfried-Foerster-Instituts in Breslau. Im Januar 1945 floh er aus Breslau und übernahm im August kommissarisch die Leitung des physiologischen Instituts in Heidelberg. 1952 wurde er emeritiert. Nach längerer Krankheit starb Viktor von Weizsäcker am 9. Januar1957 in Heidelberg.
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