Kriterien zur Unterscheidung von Stillgewässern sind deren Größe und Tiefe, nach denen man unterscheidet:
Tümpel sind flache temporäre Süßwasseransammlungen mit stark schwankenden Wasserständen
Weiher sind Flachwasserseen mit geringer Tiefe. Schwimmpflanzen erreichen mit ihren Wurzeln in der Regel den Grund.
Seen die über eine ausreichende Tiefe verfügen, damit sich eine Temperaturschichtung entwickeln kann.
Sonderformen sind künstlich angelegte Weiher oder Seen, die in der Regel einem besonderen Nutzungszweck wie der Fischzucht oder Badezwecken dienen. Auch geflutete Kiesgruben, Lehmgruben und Tagebaurestlöcher zählen dazu. Sie alle weisen aber stark veränderte Ökosysteme auf, insbesondere die Kiesgruben- und Tagebauseen haben aufgrund des mineralischen tertiären Bodens pH-Werte zwischen zwei und sechs, bei denen nur sehr eigeschränkt Leben möglich ist. Auch unterirdische Höhlenseen und heiße Süßwasserseen zählen zu den Sonderformen der Stillgewässer.
Die biologische Qualität von Stillgewässern wird anhand des Trophiensystems in Trophiestufen eingeteilt. Das bei Fließgewässern angewandte Saprobiensystem ist aufgrund der unterschiedlichen biologischen Zonierung nicht geeignet.
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