Die Pferdezucht hat eine weit zurückreichende Historie und beginnt nach derzeitigem Wissensstand zwischen 3.000 und 5.000 v. Chr. etwa zeitgleich in verschiedenen Gebieten von Europa, Asien und Nordafrika. Da der Einsatz von Pferden vielfach die Beweglichkeit der Völker, die sie nutzten, steigerte, führte die Domestizierung gleichzeitig auch zu einer stärkeren Vermischung der Pferderassen untereinander, da der Mensch stets bemüht war, aus den im nun größeren Aktionskreis vorgefundenen Rassen das ihm jeweils am besten erscheinende Zuchtmaterial zu verwenden. Den genauen Domestikationszeitpunkt festzulegen ist ausserordentlich schwierig, da es nur wenige Anhaltspunkte gibt, an denen ein domestiziertes Pferd von einem Wildferd unterschieden werden kann. So ist man normalerweise auf den Fund von Gebrauchsgegenständen wie Trensen und Sätteln angewiesen. Haupteinsatzzweck waren anfangs wohl der Transport von Lasten und die Fleischproduktion, aber bald kamen dann auch das Reiten und die Feldarbeit hinzu. Heute gibt es hunderte verschiedener Pferderassen, die mit dem Menschen nahezu alle Lebensräume erobert haben, wobei seit Mitte bis Ende des 20. Jahrhunderts ein Rückgang der Artenvielfalt zu beobachten ist, bedingt durch den Wegfall einer Reihe von Einsatzgebieten durch fortschreitende Industrialisierung.
Letzte Untersuchungen. die auf der Auswertung der mitrochondialen DNA von heutigen Hauspferden und von Fossilien ausgestorbener Arten beruhen, deuten darauf hin, dass die Domestikation des Pferdes nicht an einem Ort, sondern unabhängig voneinander an mehreren Orten stattgefunden hat. Wesentliches Indiz hierfür ist die Breite der genetischen Variationen, die in beiden Testgruppen gleich groß ist. Bei nur einem Domestikationsort wäre bei den Hauspferden eine geringere genetische Variationsbreite zu erwarten gewesen. Zudem wurde bei diesen Tests festgestellt, dass einige der fossilen Funde näher mit heutigen Arten verwandt waren, als einige heutige Arten untereinander.
Hieraus würde sich auch die starke Divergenz einiger heutiger Rassen, wie Ponies, Kaltblüter und Vollblüter erklären, da die Züchter zur unterschiedlichen Entwicklung der Rassen nicht nur den Domestikationszeitraum gehabt hätten, sondern auf das genetische Material bereits lange vorher existierender Arten zurückgreifen konnten.
Durch den verhältnismäßig langen Generationenabstand des Pferdes sind für den Züchter meist Hengste, die eine ganze Zuchtlinie begründen können, interessanter als Stuten, die selten mehr als 6 Nachkommen haben und dadurch ihre Merkmale nicht im selben Maße weitervererben können. Bestes Beispiel hierfür ist die Zucht des englischen Vollblüters, bei der 95% der Rasse auf lediglich einen Hengst zurückgeführt werden können.
Zucht im 21. Jahrhundert
Die Zucht im 21. Jahrhundert ist großteils Privatengangement, da staatliche Institutionen Kosten für eine reine Erhaltung nicht mehr tragen können. So gibt es zwar noch Staatsgestüte, aber der Großteil der Zuchttiere befindet sich in Hand kleiner Privatzüchter, die sich den unterschiedlichsten Pferderassen verschrieben haben. Grundlage für die Pferdezucht in Deutschland sind das Tierzuchtgesetz sowie die Verordnung über Leistungsprüfung und Zuchtwertfeststellung bei Pferden.
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