Sein ursprünglicher Name war Johannes Heussgen (auch Husschyn, Hussgen, Heussgen, Huszgen, oder Hausschein geschrieben) den er, wie in dieser Zeit unter Humanisten üblich, ins griechische übersetzte (oikos Haus und lampas Lampe).
Er wurde im badischen Städtchen Weinsberg geboren. Sein Vater war ein angesehener Bürger, die Mutter aus einem Basler Ratsherrengeschlecht. Er studierte in Heidelberg und Bologna und wurde 1510 zum Priester geweiht und bekam eine Pfarrstelle in Weinsberg.
Durch verschiedene Studienaufenthalte in Tübingen, Stuttgart und Heidelberg lernte er Hebräisch und wurde mit den Humanisten Johannes Reuchlin, Philipp Melanchthon und Wolfgang Capito bekannt. 1515 folgte ein Aufenthalt in Basel, wo er mit Erasmus von Rotterdam bekannt wurde und an der Universität sein Theologiestudium formell abschloss. Er promovierte zum Doktor der Theologie und veröffentliche eine griechische Grammatik und Übersetzungen patristischer Schriften.
1518 wurde er durch Capito ans Basler Münster berufen, bald darauf an den Dom in Augsburg, wo kurz vorher die Disputation zwischen Luther und Cajetan stattgefunden hatte. Bis dahin der Tradition von Erasmus verpflichtet, studierte er die Schriften Luthers, geriet deshalb mit Johannes Eck aneinander und zog sich 1520 in ein Kloster zurück. Dort übersetzte er weitere Kirchenväter und kam so weit, dass er sich der Lehre der Rechtfertigung durch den Glauben allein anschloss und seinen Standpunkt in zwei Schriften veröffentlichte. Darauf musste er das Kloster verlassen und wurde Schlosskaplan bei Franz von Sickingen.
1522 liess er sich endgültig in Basel nieder, wo weitere patristische Schriften übersetzte. Ab 1523 gab er öffentliche Vorlesungen über die biblischen Propheten, wurde bald darauf gegen den Willen des Fürstbischofs zum Professor ernannt und 1525 schliesslich Leutpriester in der Martinskirche.
1526 war er der Führer der Reformierten auf der Badener Disputation mit Johannes Eck.
Er genoss hohes Ansehen, aber nie eine so einflussreiche Stellung wie Zwingli in Zürich, zumal Basel ja Bischofssitz war. Aber durch Druck der Bevölkerung kam es 1525 zur Säkularisierung einiger Klöster, 1528 zur Glaubensfreiheit für die Reformierten und 1529 zur Abschaffung des katholischen Gottesdiensts. Im gleichen Jahr heiratete Oekolampad Wibrandis Rosenblatt, die ihm drei Kinder gebar und die nach seinem Tod erst Wolfgang Capito und dann Martin Bucer heiratete.
1528 nahm er mit Zwingli an der Disputation in Bern teil, 1529 begleitete er Zwingli zum Religionsgespräch in Marburg.
Ab 1529 war er Antistes der reformierten Kirche von Basel. 1531 starb er, wenige Wochen nach dem Tod von Ulrich Zwingli. Er ist im Münster von Basel begraben. Eine der Basler Kirchgemeinden ist nach ihm benannt.
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