1881 beschrieb er die Achalasie als Funktionsstörung des unteren Ösophagussphinkters; 1886 stellte er die subtotale Schilddrüsenresektion vor, um die postoperative Hypothyreose zu verhindern; 1896 verwendete er erstmals einen Mundschutz während Operationen zur Sicherung des aseptischen Verlaufs von Operationen. 1902 ermöglichte er die Anerkennung der Lokalanästhesie, die Carl Ludwig Schleich schon 1892 erfolglos vorgestellt hatte.
Nachdem er seinen Oberarzt Ferdinand Sauerbruch1903 die Lösung der Probleme bei Operationen an der offenen Lunge übertragen und dieser den herrschenden Unterdruck im Brustraum als deren Ursache erkannt hatte, ließ Mikulicz in Breslau eine große Unterdruck-Operationskammer errichten.
Er entwickelte mehrere chirurgische Hilfsmittel, die noch nach ihm benannt sind. Weiters werden die chronisch rezidivierenden Aphthen manchmal noch als Mikulicz-Aphthen bezeichnet. Im angelsächsischen Raum wird das Mikulicz-syndrome - vermutlich eine Variante des Sjoegren-Syndroms I - nach ihm bezeichnet.
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