Die Bezeichnung Ligand stammt aus der Komplexchemie und bezeichnet ein (meist negativ) geladenes oder ungeladenes Molekül oder Ion, das über eine sogenannte koordinative Bindung an ein Zentralteilchen (meist ein Metallkation) gebunden ist. Beispiele für Komplexverbindungen sind z.B. das Blutlaugensalz, bei dem das zentrale Eisenion von sechs Liganden, in diesem Fall Cyanidionen umgeben ist. Oder auch das Chlorophyll, in dem das zentrale Magnesiumion von einem komplexen Porphyrin umgeben ist.
In der Biochemie werden auch Moleküle (z.B. Duftstoffe oder Signalproteine), die an einen Rezeptor binden als Liganden bezeichnet.
In der pharmazeutischen Forschung wird durch computerunterstütztes Design solcher biochemischer Liganden versucht, neue Wirkstoffe zu entwickeln, deren Wirkungsweise in der Interaktion mit einem Rezeptor verborgen liegt.Wesentliche Parameter für die Simulationen sind dabei die Bindungsenergien und sterische Eigenschaften der Bindungspartner. Üblicherweise werden pro Zielprotein (target) zehntausende von Liganden auf ihre Wirkung ausgetestet.
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