Die Proteinbiosynthese ist ein wesentlicher Teil der Genexpression. Bei Eukaryoten können aus derselben DNA-Sequenz durch alternatives Splicing mehrere verschiedene Proteine entstehen. Daneben spielt auch die Frage, welche Gene wann und in welchem Kontext aktiviert oder deaktiviert werden (Genregulation, eine wesentliche Rolle. Zudem können auch Stoffwechselprozesse nachträglich (z.B. durch Abbau oder Modifikation) auf die Proteine einwirken.
Generell kann die Regulation der Genexpression auf verschiedenen Stufen des Realisierungsprozesses vom Gen zum Merkmal führen:
Die bekannten Metaphasechromosomen sind auch in der Interphase des Zellzyklus als zusammenhängende Einheiten (Chromosomen-Territorien/'chromosomal territories') vorhanden. An deren Oberfläche gelegene Gene sind für die Komponenten des Transkriptionsapparates in besonderem Maße zugänglich, d.h. ablesbar.
Transkription: Besonders für dieser Ebene wurden zahlreiche Mechanismen beschrieben, welche die Genexpression beeinflussen.
Steuerung der Transkription durch Anlagerung / Entfernung von Nucleosomen, dies wiederum infolge der Modifikation der Histone
Steroidhormone binden sich an passende Rezeptoren, die wiederum Bindungsstellen für bestimmte DNA-Sequenzen haben und dadurch die Transkription bestimmter DNA-Sequenzen ermöglichen oder verhindern
Leucinreissverschlussmoleküle (leucine zipper proteins) vermitteln die Wirkung von cAMP (cyclisches Adenosinmonophosphat) als Aktivator für die Transkription
Stabilität der durch die Translation synthetisierten Proteine und Peptide
Modifizierung von Proteinen und anderen Peptiden nach der Translation
Aufbau von Stoffgradienten im Zuge der Ontogenese, die einerseits Transportvorgänge und damit die Realisierung von Merkmalen beeinflussen können, andererseits auch wieder auf die Transkription zurückwirken können
Dabei können - besonders bei Eukaryonten - die genannten Prinzipien miteinander in Wechselwirkung treten und so - im Zusammenspiel von Genetik und Epigenetik noch komplexere Regulationsmechanismen bilden.
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