Als Darmflora wird die Gesamtheit der Bakterien bezeichnet, die den Darm von Tieren besiedeln. Da der Begriff vor allem in der Medizin benutzt wird, wird er meistens auf die Darmflora des Menschen eingeschränkt.
Der Darm des Menschen wird von 100 bis 400 verscheidenen Bakterienarten besiedelt. Von diesen Organismen leben 99% nur unter vollständigem Sauerstoffabschluss, sie sind also streng anaerob. Die bekanntesten Darmbakterien, unter ihnen die Enterobakterien und Enterokokken, finden sich unter dem 1% der fakultativ aeroben Arten. Das bekannteste Bakterium der Darmflora ist Escherichia coli.
Die meisten Darmbakterien sind vollkommen harmlos, nur einige können unter besonderen Umständen Krankheiten auslösen.
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