Die Photosynthese der Cyanobakterien findet an bzw. in deren Thylakoidmembran statt und läuft dort ähnlich wie in den Thylakoiden der Chloroplasten der eukaryotischen grünen Pflanzen (Algen, Moose, Farne, Samenpflanzen) ab. Die Cyanobakterien nutzen für ihre Photosynthese nicht nur den Teil des Lichtspektrums, den auch die grünen Pflanzen verwenden, sondern haben zusätzliche Antennenkomplexe, so genannte Phycobilisomen. Diese verleihen vielen Cyanobakterien ihre bläuliche Färbung und ermöglichen ihnen die Nutzung eines grösseren Bereichs des Lichtspektrums (in der so genannten Grünlücke von ca. 500-600 nm).
Nach der Endosymbiontenhypothese waren die Vorfahren der heutigen Cyanobakterien die Vorläufer der Chloroplasten.
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