Bernhard Albinus wird als Sohn des Bürgermeisters Christoph Albinus in Dessau geboren. Sein Urgroßvater, der anhaltinische Geschichtsschreiber Peter Weiß hat den ursprünglichen Familiennamen "Weiß" zu "Albinus" latinisiert. Bernhard Albinus erhält eine ausgezeichnete Ausbildung durch den Hauslehrer Johannes Major. Er besucht das Gymnasium in Dessau. 1668 folgt er seinem Gymnasiallehrer H. Alers nach Bremen, der dort das Rektorat des "Gymnasium illustre" antritt. Zeitweise wohnt er bei seinem Lehrer.
Albinus beginnt in Bremen Medizinstudium. 1675 setzt er das Studium in Leiden (Holland) fort. Albinus promoviert 1676 in Leiden erfolgreich mit dem neurologischen Thema "De catalepsi". Nach dem Tod seiner Mutter führen ihn 1677 Studienreisen und die Aufnahme eines Mathematikstudiums an andere Universitäten der Niederlande und Frankreichs.
Der junge Wissenschaftler plant 1680 eine Niederlassung als Arzt in Dessau, folgt aber einer Berufung zum Professor der Medizin an die Frankfurter Universität Viadrina. Bald darauf wird er zum Leibarzt des Großen Kurfürsten Friedrich Wilhelm ernannt. Er hält sich die meiste Zeit an dessen Hof in Berlin auf, behält jedoch seine Professur in Frankfurt. 1685 beschreibt er die 1683 entdeckte Heilquelle (heute "Kurfürstenquelle") in Bad Freienwalde. Albinus wird 1687 zum Rektor der Frankfurter Universität Viadrina berufen. Mit dem Tod des Großen Kurfürsten Friedrich Wilhem I. 1688 kann sich Albinus wieder mehr seinen Aufgaben an der Frankfurter Universität Viadrina widmen. So entwickelt er eine neue Methode der Staroperation. 1694 lehnt Albinus eine Berufung an die Universität im niederländischen Groningen ab. Kurfürst Friedrich III. erhöht seine Bezahlung, um das Bleiben zu versüßen. 1696 heiratet Bernhard Albinus Susanna Catharina Rings, älteste Tochter des Juraprofessors an der Frankfurter Universität Viadrina, Thomas Siegfried Rings. Kurfürst Friedrich III. ernennt ihn 1697 zu seinem Leibarzt.
Nach langem Widerstand durch König Friedrich I. (den im Vorjahr gekrönten ehemaligen Kurfürsten Friedrich III.) verläßt Albinus 1702Frankfurt (Oder) und folgt einer Berufung an die Universität Leiden. Am 19. Oktober hält er hier seine Antrittsrede "De ortu et progressu medicina e". Am 7. September1721 stirbt Bernhard Friedrich Albinus in Leiden.
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