Seit 1895 studierte er Medizin an der Universität Basel, wo er 1902 zum Dr. med. promovierte. Die erste Veröffentlichung hatte er 1897 (Z. Biol. 1897, 12,191). Da er sich mit seinem Doktorvater G. von Bunge überwarf ging er 1902 als Assistent zum späteren Nobelpreisträger Emil Fischer und habilitierte 1904. Seit 1908 war er Professor für Physiologie in Berlin. 1911 ging der Biochemiker Abderhalden nach Halle (Saale) an die dortige Universität Leopoldina. Er entwickelte den ersten Schwangerschaftstest und war 1919 für die liberalen DDP Mitglied in der verfassungsgebenden preußischen Landesversammlung.
In der Zeit des Nationalsozialismus leitete Abderhalden die Hochschule, obwohl er selbst kein NSDAP-Mitglied wurde, setzte er sich auch öffentlich für die neue "Gesundheitspolitik" der Nazis ein. So befürwortete er die Zwangssterilisation und sympathisierte mit den Gedankengut der Rassenhygiene und Euthanasie. Er sorgte für Aufnahme der wichtigsten Rassenhygieniker in die Leopoldina und 1939 veröffentlichte er selbst eine eigene Arbeit über biochemische Rassemerkmale. In vorauseilendem Gehorsam sorgte er für Entlassung aller jüdischen Mitglieder, von denen sechs in Konzentrationslagern starben.
1938 teilte Abderhalden dem Gauleiter in Halle mit: "alle Mitglieder jüdischer Abstammung seien ausgemerzt worden".
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